En 1790, le Prince autrichien Nikolaus mourait. Haydn était à son service depuis près de 30 ans pour organiser la vie musicale extraordinaire de la cour des Esterházy. Hélas, son successeur, le prince Paul Anton n’était guère musicien, licencia tout l’orchestre et allégea considérablement les charges musicales qui pesaient sur Haydn. Celui-ci en profita alors pour honorer les nombreuses invitations qui lui avaient été faites dans l’Europe entière.

Mais, au printemps 1794, lors de son deuxième voyage à Londres, Joseph Haydn apprit la mort du prince Paul Antony Esterházy. Son successeur, Nikolaus II, manifesta à Haydn sa volonté de reconstituer l’orchestre de la cour dissous par son père et demanda donc au compositeur de rentrer en Autriche. Les goûts musicaux du nouveau maître étant surtout tournés vers la musique d’église, la mission de Haydn consista principalement à composer une nouvelle messe chaque année pour le 8 septembre, jour de la fête de la princesse Marie Hermenegildis. Ainsi, de 1796 à 1802, Haydn composa six grandes messes qui sont les derniers chefs-d’œuvre qu’il nous a laissés, simultanément à la composition des célèbres oratorios que sont La Création et Les Saisons.

La Nelsonmesse fut la troisième messe des six. Haydn la composa entre le 10 juillet et le 31 août 1798. Son titre original est « Missa in angustiis » (approximativement Messe dans la détresse ou Messe de l’angoisse), sans doute une allusion aux craintes qu’éprouvait alors l’Autriche d’une victoire de Napoléon dans le conflit qui opposait la France aux principales puissances européennes depuis 1792. Au printemps 1797, Napoléon s’était en effet retrouvé à quelques jours de marche de Vienne et, cette année-là, la messe annuelle de Haydn avait pris le titre de Missa in tempore belli (Messe du temps de guerre).

La Missa in angustiis  fut donc jouée le 23 septembre 1798 à l’église paroissiale de Saint Martin de Eisenstadt. L’œuvre fut exécutée sans les bois (flûtes, hautbois, clarinettes, bassons) et les cors, car le prince électeur s’était résolu à réduire son orchestre pour des raisons d’économie et Haydn les avait en conséquence remplacés par une partie d’orgue. En 1800, l’orchestre retrouva tout son effectif et l’un des assistants de Haydn rajouta les parties de vents à partir de la partie d’orgue. Et, dès 1802, lorsque la messe fut publiée par Breitkopf (le grand éditeur allemand existe toujours), Haydn l’autorisa à publier les parties de bois. L’orchestre OPUS 13 a donc repris cette seconde version avec bois, plus conforme à l’idée initiale du compositeur.

Quelques jours avant la création de la messe, pendant les répétitions, la nouvelle de la victoire d’Horatio Nelson parvint à Eisenstadt : l’amiral avait réussi à repérer le 1^er août la flotte de Napoléon dans le port d’Aboukir, un village de pêcheur situé sur la côte égyptienne et, suite à une manœuvre navale dans la baie entre Alexandrie et Rosette, celle-ci fut presque totalement anéantie. Cette victoire anglaise sera d’ailleurs suivie par la non moindre célèbre victoire de Trafalgar.

En septembre 1800,  l’amiral Nelson fut accueilli pendant quatre jours à Eisenstadt après plusieurs étapes italiennes. Ce fut une période d’intenses fêtes en présence du prince électeur et de l’empereur Franz II. A cette occasion, plusieurs œuvres de Haydn furent données dont la Missa in angustiis qui prit alors le surnom de Nelsonmesse.